Bìa ngoài sách trong phiên bản Hoa Kỳ của cuốn tiểu thuyết Mật mã Da Vinci năm 2003 của Dan Brown có chứa hai tham chiếu đến Kryptos - một trên bìa sau (tọa độ được in màu đỏ nhạt trên nền màu đỏ đậm, theo chiều dọc nằm bên cạnh lời giới thiệu sách) là tham chiếu đến tọa độ được đề cập trong bản thuần túy của đoạn thứ 2 (xem ở trên), ngoại trừ chữ số độ bị lệch 1. Khi Brown và nhà xuất bản của ông được hỏi về điều này, cả hai đều trả lời giống nhau: "Sự khác biệt là có chủ ý". Các tọa độ là một phần của manh mối đầu tiên của Da Vinci Code WebQuest thứ hai, câu trả lời đầu tiên là Kryptos. Tham chiếu khác được ẩn trong tác phẩm nghệ thuật "giọt nước mắt" màu nâu — những từ lộn ngược có nội dung "Chỉ WW mới biết" ("Only WW knows"), là một tham chiếu khác đến thông điệp thứ hai trên Kryptos.[3][32]

Kryptos xuất hiện trong cuốn tiểu thuyết Biểu tượng thất truyền năm 2009 của Dan Brown.[1]

Một phiên bản nhỏ của Kryptos xuất hiện trong tập 5 "S.O.S" của Alias. Trong đó, Marshall Flinkman, trong một đoạn hài hước, nói rằng anh ta đã bẻ khóa mã chỉ bằng việc nhìn vào nó trong một chuyến tham quan đến văn phòng CIA. Giải pháp mà ông mô tả nghe giống như giải pháp cho hai phần đầu tiên.

Trong tập 2 của The King of Queens "Meet By-Product", một bức tranh đóng khung của Kryptos được treo trên tường cạnh cửa.

Ban nhạc progressive metal Between the Buried and Me có đề cập đến Kryptos trong bài hát "Obfuscation" từ album năm 2009, The Great Misdirect.